Prof.Dr.dr.Noorhamdani: Peran Mikrobiologi Klinik Menghadapi Ancaman Global

26 Oktober 2009
Pola penyakit infeksi global mengalami perubahan dramatis dengan munculnya ancaman berbagai penyakit endemis dan ancaman penyakit baru. Kini terdapat gejala munculnya kembali penyakit yang dahulu telah diberantas maupun ancaman oleh mikroba baik sebagai new emerging disease maupun re-emerging disease. Hal ini umumnya disebabkan oleh ulah manusia dalam mengolah lingkungan yang cenderung berlebihan, penerapan teknologi yang dapat berakibat gangguan homeostasis lingkungan.
Hal itu diungkapkan oleh Prof.Dr.dr.Noorhamdani, AS. DMM. SpMK sebelum ia dikukuhkan sebagai guru besar universitas brawijaya yang ke-176. Dalam orasinya yang berjudul “Peran Mikrobiologi Klinik dalam Menghadapi Ancaman Global Perubahan Pola Penyakit Infeksi dan Resistensi Antimikroba di Indonesia”.
Ilmu mikrobiologi klinik sebagai salah satu cabang ilmu kedokteran lainnya menurut Noorhamdani memiliki peranan yang sangat vital dalam masa-masa berkembangnya kembali penyakit-penyakit infeksi. Peran tersebut tidak hanya dalam membantu menegakkan diagnosis saja, tetapi juga dalam hal pengobatan.
Noorhamdani mengatakan, “Meningkatnya permasalahan penyakit infeksi baik yang terjadi di masyarakat maupun di rumah sakit, perlu dilakukan upaya yang terencana, strategi dan kegiatan yang jelas, pemantauan yang terus menerus oleh semua pihak dan didukung oleh pemerintah”.
Peran strategis untuk terlibat sejak awal dalam menentukan metodologi yang tepat untuk mengidentifikasi agen penyebab, dan aktif dalam membuat pedoman prosedur tetap dan memberikan informasi pada instansi berwenang dalam menentukan kebijakan penanggulangan infeksi. Dengan kondisi tersebut, menurut Noorhamdani perlu dilakukan reformasi di bidang sistem pelayanan kesehatan dan perlu dipertimbangkan pengembangan unit-unit perawatan penyakit menjadi Laboratorium Mikrobiologi Klinik dan Penyakit Infeksi. “Saat ini sebenarnya kita banyak membutuhkan SDM mikrobiologi klinik serta fasilitas-fasilitas pendukung yang lebih baik”, tuturnya.
Jika saat ini tenaga dokter spesialis mikrobilogi klinik masih terbatas di rumah sakit pendidikan negeri, diusulkan keberasaan dokter spesialis di semua fasilitas pelayanan kesehatan baik milik negara maupun swasta.
Indonesia yang hanya memiliki satu pusat pendidikan spesialis mikrobiologi klinik (Universitas Indonesia) perlu menambah jumlahnya dengan membuka pusat pendidikan yang sama agar perannya di dalam masyarakat lebih optimal.
Prof.Dr.dr.Noorhamdani, AS. DMM. SpMK, pria kelahiran Ponorogo, 10 Nopember 1950. Ia memiliki seorang istri dr.Umi Kalsum M.Kes. dengan empa orang putra. Ia menyelesaikan pendidikan S1 di FK Unair pada tahun 1975 dan menyelesaikan program dokter Spesialis Mikrobiologi Klinik pada tahun1992 serta menyelesaikan program S3 di Unair. Pria yang sangat aktif dalam organisasi kedokteran ini telah membuat sebanyak 31 karya ilmiah/penelitian dan 6 buku/diktat. [fjr]

Produksi Inokulum Tempe menggunakan Limbah Ubikayu

Nur Hidayat, Wignyanto, dan Novena Aprin Noranita

Disajikan pada Seminar Nasional Hasil Penelitian Hayati di Universitas Brawijaya 10 Oktober 2009

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui konsentrasi kultur murni yang tepat pada pembuatan tempe dan untuk mengatur tata letak fasilitas produksi.

Rancangan percobaan dilakukan dengan Rancangan acak Lengkap dengan faktor tunggal yaitu konsentrasi kultur murni. Penelitian ini terdiri dari 5 perlakuan yaitu pemberian konsentrasi kultur murni 0,1%b/b, 0,3%b/b, 0,5%b/b, o,7%b/b dan 0,9%b/b.

Hasil yang terbaik adalah pemberian konsentrasi kultur murni 0,5% dengan rendemen 41,699%, kadar air 6,573%, bakteri kontaminan 41,748%, jumlah koloni inokulum awal 8,02×10⁷cfu/g (7,902 log cfu/g) dengan persentase koloni yang hidup setelah 1 bulan 89,52% dan jumlah kapang pada inokulum yang dicampur tepung beras sebesar 3,04×10⁷cfu/g (6,893 log cfu/g) dengan persentase kapang hidup setelah 1 bulan 90,92%.

Kata kunci : Inokulum, R.oligosporus, ubi kayu

Makalah pada Seminat Nasional Stemcell dan Hasil penelitian Hayati di Universitas Brawijaya 10 Oktober 2009

Khabar dari Padang

Alhamdulillah, saya dan keluarga dalam keadaan sehat walafiat walaupun trauma atas bencana gempa tetap masih menghantui apalagi ada yang memprediksi kalau bakal ada yang lebih besar lagi yang akan datang walahualam bissawab tetapi walau bagaimanapun kami tetap bersyukur karena tidak diikuti Tsunami. Jika Tsunami juga terjadi saya tidak bisa membayangkan apa yang terjadi mungkin saya walaupun selamat dari gempa belum tentu lepas dari Tsunami. Kerusakan secara umum untuk kota padang terbilang parah karena pada umumnya gedung-gedung pemerintah banyak yang ambruk dan kalau masih berdiri diragukan kelaikan pakainya sedangkan bangunan pada pusat-pusat perbelanjaan pada rontok semua tambahan lagi hampir semua hotel tidak luput dari kerusakan seperti yang ditayangkan di TV. Untuk kampus Unand terdapat kerusakan pada setiap bagunan diseluruh fakultas, kerusakan yang terparah ada pada Politeknik dan Fakultas Teknik. Pengecekan lebih lanjut kelaikan bangunan yang ada sedang dilakukan dan diperkirakan kuliah dimulai tanggal 12 Oktober mendatang. Sampai saat ini listrik belum ada dan pasukan air bersihpun masih terputus. Saya belum bisa melaporkan berpa orang dari anggota Permi_Sumbar yang mendapat musibah karfena komunikasi masih belum lancar. Berita ini saya kirimkan dengan menggunakan sisa-sisa baterai laptop dan telkomflash yang sinyal-nya antara ada dan tiada.

Wassalam,
Agustian

Faktor-faktor yang Berpengaruh Pada Proses Pembentukan Biogas

Proses pembentukan biogas dipengaruhi oleh beberapa faktor, antara lain:

a. Temperatur/Suhu,

suhu udara maupun suhu di dalam tangki pencerna mempunyai andil besar di dalam memproduksi biogas. Suhu udara secara tidak langsung mempengaruhi suhu di dalam tangki pencerna, artinya penurunan suhu udara akan menurunkan suhu di dalam tangki pencerna. Peranan suhu udara berhubungan dengan proses dekomposisi anaerobik (Yunus, 1991).

b. Ketersediaan Unsur Hara,

bakteri anaerobik membutuhkan nutrisi sebagai sumber energi yang mengandung nitrogen, fosfor, magnesium, sodium, mangan, kalsium dan kobalt (Space and McCarthy didalam Gunerson and Stuckey, 1986). Level nutrisi harus sekurangnya lebih dari konsentrasi optimum yang dibutuhkan oleh bakteri metanogenik, karena apabila terjadi kekurangan nutrisi akan menjadi penghambat bagi pertumbuhan bakteri. Penambahan nutrisi dengan bahan yang sederhana seperti glukosa, buangan industri, dan sisa sisa tanaman terkadang diberikan dengan tujuan menambah pertumbuhan di dalam digester (Gunerson and Stuckey, 1986).

c. Derajat Keasaman (pH),

peranan pH berhubungan dengan media untuk aktivitas mikroorganisme. Bakteri-bakteri anaerob membutuhkan pH optimal antara 6,2 – 7,6, tetapi yang baik adalah 6,6 – 7,5. Pada awalnya media mempunyai pH ± 6 selanjutnya naik sampai 7,5. Tangki pencerna dapat dikatakan stabil apabila larutannya mempunyai pH 7,5 – 8,5. Batas bawah pH adalah 6,2, dibawah pH tersebut larutan sudah toxic, maksudnya bakteri pembentuk biogas tidak aktif. Pengontrolan pH secara alamiah dilakukan oleh ion NH4+ dan HCO3-. Ion-ion ini akan menentukan besarnya pH (Yunus, 1991).

d. Rasio Carbon Nitrogen (C/N),

proses anaerobik akan optimal bila diberikan bahan makanan yang mengandung karbon dan nitrogen secara bersamaan. CN ratio menunjukkan perbandingan jumlah dari kedua elemen tersebut. Pada bahan yang memiliki jumlah karbon 15 kali dari jumlah nitrogen akan memiliki C/N ratio 15 berbanding 1. C/N ratio dengan nilai 30 (C/N = 30/1 atau karbon 30 kali dari jumlah nitrogen) akan menciptakan proses pencernaan pada tingkat yang optimum, bila kondisi yang lain juga mendukung. Bila terlalu banyak karbon, nitrogen akan habis terlebih dahulu. Hal ini akan menyebabkan proses berjalan dengan lambat. Bila nitrogen terlalu banyak (C/N ratio rendah; misalnya 30/15), maka karbon habis lebih dulu dan proses fermentasi berhenti (Anonymous, 1999a).

e. Kandungan Padatan dan Pencampuran Substrat,

menurut Anonymous (1999a), walaupun tidak ada informasi yang pasti, mobilitas bakteri metanogen di dalam bahan secara berangsur – angsur dihalangi oleh peningkatan kandungan padatan yang berakibat terhambatnya pembentukan biogas. Selain itu yang terpenting untuk proses fermentasi yang baik diperlukan pencampuran bahan yang baik akan menjamin proses fermentasi yang stabil di dalam pencerna. Hal yang paling penting dalam pencampuran bahan adalah menghilangkan unsur – unsur hasil metabolisme berupa gas (metabolites) yang dihasilkan oleh bakteri metanogen, mencampurkan bahan segar dengan populasi bakteri agar proses fermentasi merata, menyeragamkan temperatur di seluruh bagian pencerna, menyeragamkan kerapatan sebaran populasi bakteri, dan mencegah ruang kosong pada campuran bahan.

Inokulum Tempe

Inokulum tempe disebut juga dengan starter tempe dan banyak pula yang menyebut dengan nama ragi tempe. Starter atau inokulum tempe adalah bahan yang mengandung biakan jamur tempe, digunakan sebagai agensia pengubah kedelai rebus menjadi tempe akibat tumbuhnya jamur tempe pada kedelai dan melakukan kegiatan fermentasi yang menyebabkan kedelai berubah sifat karakteristiknya menjadi tempe (Kasmidjo, 1990). Menurut Sarwono (2004), inokulum tempe atau laru adalah kumpulan spora kapang tempe yang digunakan sebagai bahan pembibitan dalam pembuatan tempe. Laru mengandung spora-spora kapang yang pada pertumbuhannnya menghasilkan enzim yang dapat mengurai substrat yang lebih kecil, lebih mudah larut serta menghasilkan flavour dan aroma yang khas. Laru tempe mengandung paling sedikit 3 jenis spesies kapang, yaitu kapang Rhizopus oligosporus, R. oryzae, dan R. stolonifer. Menurut Koswara (1995), jenis kapang yang berperan utama dalam pembuatan tempe adalah R. oligosporus.

Menurut Hermana dan Mien (1996), penambahan atau pengurangan jumlah inokulum pada kondisi fermentasi (media dan suhu) yang sama akan mempersingkat atau memperpanjang masa fermentasi. Pada proses fermentasi, kapang membutuhkan oksigen yang cukup untuk memacu pertumbuhannya, apabila kadar oksigen kurang maka pertumbuhan kapang pada substrat menjadi lambat (Sarwono, 2004).

Inokulum tempe dibagi menjadi 3 golongan berdasarkan atas profil mikroorganisme (Kasmidjo, 1990), yaitu:

1. Starter yang mengandung lebih dari satu jenis atau lebih jamur tempe dan yang dapat dipastikan juga banyak mengandung bakteri. Starter tradisional (usar) termasuk dalam golongan ini.
2. Starter murni, yaitu starter yang dibuat dengan menumbuhkan suatu jenis jamur tempe pada substrat yang dimasak. Starter yang dibuat dengan cara ini tentu masih terkontaminasi oleh bakteri, karena perlakuan pemanasan tanpa tekanan terhadap substrat (dimasak). Contoh starter murni adalah starter bubuk buatan LIPI.
3. Starter kultur murni yang dibuat dengan membiakkan kultur murni R. oligosporus (atau jamur tempe yang baik lainnya) pada substrat yang dihasilkan secara aseptis. Contoh starter jenis ini adalah starter yang disiapkan oleh laboratorium untuk keperluan penelitian.

Menurut Kasmidjo (1990), inokulum tempe dapat diperoleh dengan berbagai cara antara lain:

1. Berupa tempe dari batch sebelumnya yang telah mengalami sporulasi.
2. Berupa tempe segar yang dikeringkan di bawah sinar matahari.
3. Sebagai biakan murni R. oligosporus yang disiapkan secara aseptis oleh lembaga riset atau lembaga pendidikan.
4. Usar, merupakan inokulum tempe yang dibuat dari kedelai yang telah diberi ragi dan diletakkan diantara dua lapis daun waru atau daun jati.

Beberapa persyaratan atas kualitas jamur tempe yang baik untuk digunakan sebagai starter tempe antara lain:

1. Memiliki persentase perkecambahan spora yang tinggi segera setelah diinokulasikan dan mampu memproduksi spora dalam jumlah banyak.
2. Pertumbuhan miselia setelah inokulasi harus kuat, lebat, berwarna putih bersih, memiliki aroma spesifik tempe yang enak, dan tidak mengalami sporulasi terlalu awal (Kasmidjo, 1990)

Menurut Rahman (1992), untuk menghasilkan tempe yang baik, jumlah sel hidup yang terdapat dalam inokulum adalah berkisar antara 10⁶-10⁹ koloni/gram.

Menurut Suprapti (2003), ragi tempe yang akan digunakan harus benar-benar kering sehingga siap berperan sebagai bibit kapang yang baru. Ragi yang belum benar-benar kering apabila disimpan akan menggumpal dan ditumbuhi spora jamur perusak. Ragi tempe harus dihasilkan dengan tingkat kekeringan yang tinggi. Penyimpanan ragi harus dilakukan dalam wadah yang kedap air dan udara agar tidak tercemar. Menurut Shurtleff dan Aoyagi (1979), penyimpanan inokulum harus dilakukan pada temperatur dan kelembaban yang rendah agar potensi tumbuh ragi tidak menurun. Penyimpanan inokulum tempe dapat dilakukan pada suhu 5-10⁰C dalam plastik tertutup. Inokulum tempe yang disimpan pada suhu kamar dapat bertahan selama 12 – 14 minggu dan setelah itu jumlah spora dalam inokulum tempe akan menurun drastis.

Regulatory Phenotyping Reveals Important Diversity within the Species Lactococcus lactis

Applied and Environmental Microbiology, September 2009, p. 5687-5694, Vol. 75, No. 17

Herwig Bachmann,  Marjo J. C. Starrenburg,  Annereinou Dijkstra, Douwe Molenaar,  Michiel Kleerebezem,  Jan L. W. Rademaker, and Johan E. T. van Hylckama Vlieg

The diversity in regulatory phenotypes among a collection of 84 Lactococcus lactis strains isolated from dairy and nondairy origin was explored. The specific activities of five enzymes were assessed in cell extracts of all strains grown in two different media, a nutritionally rich broth and a relatively poor chemically defined medium. The five investigated enzymes, branched chain aminotransferase (BcaT), aminopeptidase N (PepN), X-prolyl dipeptidyl peptidase (PepX), alpha-hydroxyisocaproic acid dehydrogenase (HicDH), and esterase, are involved in nitrogen and fatty acid metabolism and catalyze key steps in the production of important dairy flavor compounds. The investigated cultures comprise 75 L. lactis subsp. lactis isolates (including 7 L. lactis subsp. lactis biovar diacetylactis isolates) and 9 L. lactis subsp. cremoris isolates. All L. lactis subsp. cremoris and 22 L. lactis subsp. lactis (including 6 L. lactis subsp. lactis biovar diacetylactis) cultures originated from a dairy environment. All other cultures originated from (fermented) plant materials and were isolated at different geographic locations. Correlation analysis of specific enzyme activities revealed significantly different regulatory phenotypes for dairy and nondairy isolates. The enzyme activities in the two investigated media were in general poorly correlated and revealed a high degree of regulatory diversity within this collection of closely related strains. To the best of our knowledge, these results represent the most extensive diversity analysis of regulatory phenotypes within a single bacterial species to date. The presented findings underline the importance of the availability of screening procedures for, e.g., industrially relevant enzyme activities in models closely mimicking application conditions. Moreover, they corroborate the notion that regulatory changes are important drivers of evolution.

Global phenotypic characterization of bacteria

Barry R. Bochner Biolog Inc., Hayward, CA, USA, FEMS Microbiol Rev 33 (2009) 191–205

Abstract
The measure of the quality of a systems biology model is how well it can reproduce and predict the behaviors of a biological system such as a microbial cell. In recent years, these models have been built up in layers, and each layer has been growing in sophistication and accuracy in parallel with a global data set to challenge and validate the models in predicting the content or activities of genes (genomics), proteins (proteomics), metabolites (metabolomics), and ultimately cell phenotypes (phenomics). This review focuses on the latter, the phenotypes of microbial cells. The development of Phenotype MicroArrays, which attempt to give a global view of cellular phenotypes, is described. In addition to their use in fleshing out and validating systems biology models, there are many other uses of this global
phenotyping technology in basic and applied microbiology research, which are also described.

do you want fullpaper?

Undangan Pertemuan PERMI Cabang Malang

Dengan hormat

Mengharap kehadiran Bapak/Ibu/Saudara untuk hadir pada pertemuan anggota PERMI (Perhimpunan Mikrobiologi Indonesia) Cabang Malang pada:

Hari / Tanggal : Jum’at 7 Agustus 2009

Waktu: 13.30 wib

Tempat: Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Univesitas Brawijaya

Acara:

1. Pembicaraan rencana untuk PIT PERMI di Surabaya

2. pembagian Jurnal Mikrobiologi (ada dua edisi yang belum dibagi)

3. membayar iuran tahunan (Rp 50.000)

bagi yang belum jadi anggota mari bergabung. murah lho 50 rb dapat jurnal 3 kali padahal harga jurnalnya 60rb.

kami tunggu kehadirannya.

salam

an. Pengurus

Sekretaris

Nur Hidayat

Trichoderma penghasil enzim amylase

Kapang – kapang filamentous terdiri dari kelompok mikroorganisme heterogenous yang mampu menggunakan berbagai sumber karbon dan nitrogen untuk pertumbuhannya melalui berbagai jalur metabolism dengan menghasilkan amylase. Anggota genus Aspergillus dan Rhizopus sering digunakan untuk mendegradasi pati. Struktur polikrostalin, dari granula pati adalah tidak larut dalam air dingin oleh karena untuk memperbaiki suseptabilitas pati terhadap kerja enzim terutama setelah gelatinisasi oleh air panas perlu dicari mikroorganisme yang mampu tumbuh pada pati yang tidak mengalami gelatinisasi. Jika ini dapat dilakukan maka akan dapat mengurangi biaya gelatinisasi. Amilase merupakan enzim yang banyak digunakan di berbagai industri terutama industri pangan, tekstil, minuman, kertas, lem, turunan gula, bioetanol dan sebagainya. Amilase digunakan untuk menghidrolisis bahan baku dalam agroindustri. Produksi enzim amilolitik ergantung dari spesies mikrobia, komposisi medium, metode kultivasi dan sumber nitrogen. Trichoderma selain sebagai penghasil selulase yang baik juga dikenalsebagai mikroorganisme yang mampu menggunakan pati tanpa perlakuan gelatinisasi. Oleh sebab itu perlu diteliti penggunaan Trichoderma sebagai sumber amylase termasuk keamananannya bagi pangan. Tricoderma umumnya dipelihara pada medium yang mengandung (dalam 1,0 liter aquades): glukosa 10 g, peptone 5,0 g, meat extract 3,0 g dan agar-agar 20 g. Penggunaan sumber nitrogen dalam medium pertumbuhan menunjukkan bahwa campuran urea dan ammonium sulfat mampu mendukung produksi amylase dan glukoamilase dari Trichoderma sp menggunakan sumber karbon sebagai pati terlarut. Mau lanjutkan penelitian ini? Sumber: R. A. Pacheco Chávez, L. C. Tavares, A. C. S. C. Teixeira, J. C. M. Carvalho, A. Converti, and S. Sato. Influence of the Nitrogen Source on the Productions of a-Amylase and Glucoamylase by a New Trichoderma sp. from Soluble Starch. Chem. Biochem. Eng. Q. 18 (4) 403–407 (2004)

KANDHA RAHARJA : ANTISIPASI KELANGKAAN BAHAN ; Media Tumbuh Jamur Tak Cuma ‘Grajen’

KR 17/07/2009 08:22:35

Saat sekarang banyak petani jamur yang pusing dengan biaya budidaya yang membengkak. Khususnya menghadapi harga serbuk limbah kayu atau grajen yang cenderung naik dan sulit diperoleh. Padahal mereka biasa memakainya untuk media tumbuh jamur dalam kubung.

HAL ini setidaknya dirasakan oleh para petani jamur di Dusun Gambretan, Desa Umbulharjo, Kecamatan Cangkringan. “Lima bulan, kami petani jamur membeli satu truk grajen seharga Rp 100 ribu. Sekarang Rp 350 ribu. Jika ditambah ongkos kirim dari Magelang ke sini sebesar Rp 350 ribu,” keluh Wagiman, petani sekaligus pelopor budidaya jamur di dusun itu.
Sebab itu untuk satu kali pembelian grajen, menurutnya kini petani harus mengeluarkan biaya Rp 650 ribu. Selain media tumbuh jamur, kayu obong sebagai bahan bakar pengovenan grajen pun ikut naik dari Rp 350 ribu menjadi Rp 500 ribu.
Ongkos ini jauh lebih mahal bila dibandingkan dengan saat menggunakan minyak tanah sebagai bahan bakarnya, sebelum ada program konversi minyak ke gas. “Semenjak minyak tanah mahal, petani jamur beralih mengunakan kayu untuk pengovenan,” tambah Wagiman lagi.
Ketergantungan petani terhadap grajen sebagai media tumbuh jamur, menurut Ratijo, pembudidaya jamur berpengalaman dari CV Volva Indonesia dan sekaligus pengelola rumah makan Jejamuran di Dusun Niron, Desa Pandowoharjo, Sleman, sebenarnya tidak perlu terjadi. Sebab banyak alternatif pengganti grajen yang tersedia di alam.
“Syarat media tumbuh jamur yang baik itu kering, sehingga sel-selnya mati, serta memiliki kandungan lignin, selulosa dan hemiselulosa yang dibutuhkan oleh jamur sebagai makanannya. Media semacam ini tak cuma grajen saja,” tandas Ratijo.
Dia lantas menyebutkan beberapa bahan seperti jerami, ampas tebu, batang dan tongkol jagung, batang kedele dan onggok aren dapat dijadikan alternatif media tumbuh jamur, bila harga grajen sedang mahal. “Bahkan dapat dibilang bahan-bahan ini kandungan makanan untuk jamur lebih banyak, lebih baik dan murah. Apalagi musim kemarau seperti ini, dalam 2-3 hari mudah dikeringkan dengan cara dijemur,” sebutnya.
Bicara soal jerami, Ratijo menyebut saat ini banyak sawah yang panen, sehingga kadang-kadang tidak usah membeli. Hanya masalahnya, kadang petani malas untuk mengangkut dan menjadikannya sebagai media tumbuh jamur.
“Seharusnya pada musim kemarau, hasil budidaya jamur akan lebih baik dibanding pada musim hujan. Baik dari kuantitas maupun kualitasnya, media tumbuh alternatifnya juga banyak. Hal yang perlu diperhatikan hanyalah masalah kelembaban, yang seringkali di bawah 50 persen. Sehingga suhu dalam kubung perlu dijaga, agar kelembabannya ditingkatkan 80-90 persen,” lanjutnya. (Hari S)-c